台灣基督長老教會南神神學院溯源可謂歷史悠久，本校前身係為全台第一所西式大學，自民前42年(1869)由西方宣教師馬雅各醫師及李庥牧師落腳在高雄旗后與台南府城所設立的「傳道者養成班」開始，民前35年(1876)巴克禮牧師將兩者合併為「府城學院」開辦神學教育，期間曾因戰爭數度停辦，民前8年(1903)年於現址建立校舍，民國2年(1913)年更名為「台南神學校」，民國37年(1948)正名為「台南神學院」，多年來在台灣土地上宣揚基督教教義、關心靈性及生命與人類福祉等，進而拓展神學教育（亦含早年開辦幼兒教育系與社會服務系等）且秉持宣教師信仰精神，繼續因應台灣在地本土需要培育各類人才。

依據現行大學體制宗教研修學院屬於學院與學校相同層級，本校於此規模下現設神學研究所及基督教研究所（內含宗教社會工作組及教會音樂組），本於神學教育系統之下本校師資包含聖經神學、系統神學、歷史神學與實踐神學等多元領域，並以教學與生命實踐為目標成為學生榜樣，而學生在接受專業訓練後領受使命進入服事禾場，成為具有基督博愛救世精神及關顧人類生命與靈魂的專業人員。而在行政組織方面，設3處（教務、牧育及總務）、3室（秘書、人事及會計）及1館（圖書館），分責辦理本校相關行政工作。

全校師生遵循校訓「主曰：非爾選我乃我選爾命爾結實而實恒在則託我名求父者可賜爾。」（約翰福音 15:16）之僕人精神接受裝備，並藉全心全身投入的委身決心共同成就今日南神，迎接未來的挑戰。