「台灣基督長老教會南神神學院」係傳承於「台南神學院」的核心價值與基本精神。原台南神學院是台灣第一所西式大學，屬台灣基督長老教會學校之一。創校可追溯至1869年李庥牧師及馬雅各醫生在旗後、府城所設立的「傳道者養成班」(Student’s Class) ，後於1876年巴克禮牧師再將兩者合併為「府城學院」(Capital College) ，1948年更改校名為台南神學院迄今。於2017年以南神神學院名稱向教育部申請立案通過，現有兩個研究所共三個組別，繼續為台灣塑造卓越的神學、音樂、社工之專業人才。