本校經奉107年1月2日教育部臺教高（三）字第1060189494號函同意於106學年度春季班開始招生，現有神學研究所及基督教研究所等教學單位。

本校基督教研究所以教學（課程）分組另下分教會音樂組及宗教社會工作組等兩組，每年招收碩士班學生一班，每班至多15人。

最高修業年限為2至4年，完成所訂之課程與修業要求並完成學位考試後，依學位授予法授予文學碩士（Master of Arts），本所碩士學位證書無另註記分組名稱。

基督教研究所碩士班課程設計旨在培育教會多元服事人才。課程除必備基督教基本知識外，輔以教會之聖樂與禮儀與社區服務等專業知識來培育教會多元服事人才。課程除研究方法及論文寫作與畢業論文必修外，主要分為基督教思想共同必修、及分組選修教會音樂或教會社會工作等課程。

基督教思想旨在研究新、舊約聖經、基督教內部文學作品及外觀教堂建築構思；分組選修中教會音樂著重教會禮拜、聖樂之發展及聖樂演奏或演唱，而教會與社會工作則著重基督教之實踐面向，如教會社會工作哲學、社區服務之方案設及教會如何配合社會福利政策來關顧高齡或社會弱勢團體，以實踐其「愛人如己」之信仰。

基督教研究所畢業總學分數為48學分。

其中基督教思想共同必修課程18學分：含蓋基督教思想課程12學分、研究方法與畢業論文6學分、教會見習與教會或社會實習0學分。

另外，分組選修課程分教會音樂課程與宗教社會工作課程，每組選修30學分，依學生未來在教會音樂或社會機構工作取向提供專業學習，發展本校所強調培育教會多元服事人才。