台南神學院是一個神學教育機構，以培育專業的侍奉人員和從事相關的學術研究，來服事台灣教會和社會，建設台灣成為一個合乎上帝旨意的國度。 為了這個目標，南神以道成肉身的耶穌基督為信仰中心，將上帝創造的心意和拯救的恩典，具體化在台灣的情境，和台灣人民融合在一起。南神也是世界和台灣的橋樑，運用普世的資源和智慧，為鄉土營造美麗的願景和契機。 為了讓人相信真理，南神更是一個學術機構，有系統地陳述上帝的創造，基督的救贖和聖靈的教導，讓信徒和全世界更瞭解自己的處境和前景。